Mając na uwadze zachowanie szczególnie cennych i zagrożonych wyginięciem składników lokalnych biocenoz oraz zachowanie różnorodności biologicznej danego regionu biogeograficznego, obejmuje się go ochroną w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000 (art. 26 ustawy z dn. 16.04.2004r. o ochronie przyrody).

Siec obszarów Natura 2000 obejmuje:

• Obszary Specjalnej Ochrony (OSO) wyznaczone na podstawie Dyrektywy Rady w sprawie ochrony dzikich ptaków, dla ochrony populacji dziko występujących ptaków jednego lub wielu gatunków, w granicach którego ptaki mają korzystne warunki bytowania w ciągu całego życia, w dowolnym jego okresie albo stadium rozwoju.
• Specjalne Obszary Ochrony (SOO) wyznaczone na podstawie Dyrektywy Siedliskowej w celu trwałej ochrony siedlisk w przyrodniczych albo populacji zagrożonych wyginięciem gatunków roślin i zwierząt, albo w celu odtworzenia właściwego stanu siedlisk lub stanu tych populacji. Wyznaczenie obszaru Natura 2000, zmiana jego granic lub likwidacja następuje w drodze Rozporządzenia Ministra Środowiska.

Na terenie Nadleśnictwa występują dwa Specjalne Obszary Ochrony:

1. PLH120048 pod nazwa Nowy Wiśnicz – jest to ostoja nietoperza; położony jest na Pogórzu Wiśnickim. Cały obszar o pow. 325,68 ha leży w granicach zasięgu terytorialnego Nadleśnictwa, ale na gruntach Lasów Państwowych wyłącznie 0,74 ha. Cała ostoja znajduje się na terenie Wiśnicko-Lipnickiego Parku Krajobrazowego. Obszar obejmuje kolonię rozrodczą podkowca małego i nocka orzęsionego na zamku z Nowym Wiśniczu oraz obszar żerowania tych kolonii.
2. PLH120089 pod nazwą Tarnawka – powierzchnia obszaru wynosi 139,95 ha z tego na gruntach Lasów Państwowych wyłącznie 0,61 ha. Obszar obejmuje fragmenty podgórskich dolin rzecznych w zlewni potoku Tarnawka i jej dopływów. To jedne z ostatnich nieuregulowanych bądź nieznacznie przekształconych fragmentów koryt rzek i potoków z zachowanymi wyspami, odsypami i skarpami, progami i nawisami skalnymi.