Nadleśnictwo Brzesko (z obrębami Bochnia i Brzesko) utworzone zostało w 1973 r. z byłych Nadleśnictw Bochnia i Brzesko na podstawie zarządzenia Naczelnego Dyrektora Zarządu Lasów Państwowych nr 73 z dn.18.12.1972 r. Siedziba połączonego Nadleśnictwa znajdowała się wówczas przy ulicy Piastowskiej w Brzesku. Oba nadleśnictwa powstały po II wojnie światowej po upaństwowieniu lasów prywatnych leżących na omawianym terenie – na mocy dekretu o reformie rolnej z dnia 6.IX.1944r. i dekretu PKWN o przejściu niektórych lasów na własność Skarbu Państwa z dnia 12.12.1944 r.

Tereny byłego Nadleśnictwa Brzesko

Lasy wchodzące w skład Nadleśnictwa Brzesko do zakończenia II wojny światowej były w posiadaniu prywatnych właścicieli jako lasy przydworskie, a 433,49 ha lasów państwowych zostało przyłączone z Nadleśnictwa Damienice. Przed upaństwowieniem Lasy Nadleśnictwa Brzesko stanowiły własność majątku barona Goetza  Okocimskiego oraz majątków: Dębno, Jasień, Wielka Wieś, Grabno, Rudka, Zawada, Charzewice, Domasławie, Roztoka, Tymowa, Wytrzyszczka, parafii rzymsko-katolickich w Porąbce Uszewskiej, Gosprzydowej i Wojakowej oraz innych drobnych właścicieli. Utworzone Nadleśnictwo obejmowało powierzchnię 3387,88 ha. Okresowo od 1946 r. do 1957 r. w skład Nadleśnictwa wchodziły kompleksy Łętowice, Biadoliny Radłowskie, Biadoliny Szlacheckie oraz uroczysko Perła – przyłączone z Nadleśnictwa Wierzchosławice o powierzchni 1262,04 ha.

Tereny byłego Nadleśnictwa Bochnia

W skład Nadleśnictwa Bochnia  weszły Lasy Państwowe z Nadleśnictwa Damienice oraz lasy prywatnej własności, przejęte od Opactwa Benedyktynek w Staniątkach 582,94 ha – kompleksy: „Rudawy", „Gorzków – Łazy", „Sienna", „Grabówka Mała", „Grabówka Duża", „Gródek", od Piotra Padlewskiego 446,97 ha w kompleksie „Kopaliny", od Franciszka Ożegalskiego 449,90 ha w kompleksie „Kamionna", od Romana Włodeka 326,11 ha w kompleksie „Chrostowa", od parafii rzymsko-katolickiej w Lipnicy 171,11 ha w kompleksie „Lipnica Murowana", od Prutkowskiego 218,52 ha w kompleksach: "Kosówka", „Dębiny", „Żarnówka", „Przylasek", od Marii Bzowskiej 159,47 ha w kompleksach: „Trzecia Góra", „Kamionna", „Tarnawa", od Tuby Pinoka 213,67 ha w kompleksach: „Górczyna", „Żegocina", od Lubomirskich 146,45 ha w kompleksach" „Bartnik", „Bartniczek", „Bukowiec", „Kantory", od Szymona Padlewskiego 74,94 ha w kompleksie „Wieruszce", od Stefana Sękowskiego i Zygmunta Niwickiego 122,33 ha w kompleksach" „Nieprześnia – Zawada", „Wojtkowa", „Dębiny", „Bajka", „Łysa Góra". Pozostałe 185,64 ha stanowiły niewielkie powierzchnie leśne, należące do wielu właścicieli lub przyjęte jako mienie opuszczone. Według stanu na 31.12.1945 r. powierzchnia ogólna Nadleśnictwa Bochnia wynosiła 3531,91 ha.

Upaństwowione lasy prywatne z uwagi na duże rozdrobnienie nie miały opracowanych jednolitych planów zagospodarowania. W większości z nich nie prowadzono gospodarki planowej, pozyskując surowiec drzewny w miarę własnych potrzeb i koniunktury na drewno. Gospodarka leśna w lasach prywatnych charakteryzowała się  wysokim pozyskaniem użytków rębnych, głównie sposobem zrębowym na dużych łączonych powierzchniach. W drzewostanach bukowych i jodłowych stosowano rębnię przerębową. Zręby odnawiano sosną i świerkiem bez względu na siedliskowy typ lasu, pozostawiając samosiewy i odrośla brzozy, graba i osiki. W drzewostanach użytkowanych sposobem przerębowym bazowano na odnowieniach naturalnych. Z uwagi na brak dostatecznej pielęgnacji w składzie drzewostanów znaczny udział stanowiły gatunki mało wartościowe jak osika, brzoza, grab oraz odrośla buka, graba i dęba.

W okresie okupacji hitlerowskiej w w/w lasach prowadzono rabunkową gospodarkę, wycinając drzewostany rębne całymi oddziałami z uwagi na bliskość tartaków i dogodny transport, nie troszcząc się o odnowienia. W wyniku takiej gospodarki Nadleśnictwa Brzesko i Bochnia w 1945 r. posiadały dużą ilość drzewostanów młodszych klas wieku o słabym zwarciu i składzie nie dostosowanym do siedliska, małą ilość drzewostanów rębnych i znaczną powierzchnię halizn i zrębów.

Gospodarka w latach powojennych

Od 1946 r. do dziś gospodarka leśna na terenie obecnego Nadleśnictwa Brzesko była prowadzona na podstawie Planów Urządzania Lasu. W latach 1946 i 1947 sporządzono pierwsze dla Nadleśnictw Brzesko i Bochnia prowizoryczne PUL. Definitywne plany sporządzono odpowiednio w latach 1957 i 1960. Pierwszy PUL dla połączonych nadleśnictw Brzesko i Bochnia wykonano 1984 r.
Pozyskanie drewna w wymiarze przekraczającym plany urządzania lasu wystąpiło po okiści 1954 r. powodującej potrzebę pozyskania dodatkowych 10 486 m3 użytków oraz w latach 1984 – 1993 w użytkowaniu rębnym. W pozostałych okresach obowiązywania planów użytkowania rębnego nie przekraczano. Stan sanitarny lasów Nadleśnictwa był dobry, nie notowano klęsk żywiołowych. Jedynie w latach siedemdziesiątych obserwowano zwiększenie wydzielania się posuszu sosnowego i jodłowego co spowodowane było długotrwałym, niekorzystnym oddziaływaniem zakładów przemysłowych. Na początku XXI wieku w Nadleśnictwie Brzesko  zaobserwowano pierwsze oznaki zamierania jesionów spowodowane przez  choroby grzybowe. Choroba ta trwa nadal i przyczynia się do zmniejszenia udziału tego ważnego gatunku. Obecnie duże znaczenie ma zamieranie  jodły  i sosny  spowodowane występowaniem jemioły. Suche lata sprzyjają rozprzestrzenianiu się tego półpasożyta nie tylko w najstarszych drzewostanach.

W części nizinnej (zajmującej 15% powierzchni Nadleśnictwa) odnowienia lasu wykonywano głównie sadzeniem sosny w wyorywane mechanicznie bruzdy, a na siedliskach wilgotnych na wykonanych ręcznie rabatowałkach. Na pozostałej części Nadleśnictwa wykorzystywano samosiew, a przy jego braku wykonywano sztuczne odnowienia podokapowe jodły, buka i dęba w jamki na talerzach. Obecnie przy odnowieniu sztucznym w większości gleba jest przygotowywana mechanicznie frezem. Głównym sposobem odnowienia pozostaje samosiew.
Z użytków ubocznych w latach siedemdziesiątych pozyskiwano żywicę sosnową i modrzewiową w ilości do 14 ton w 1972 r.

W latach 1970-1983 r. w leśnictwie Jodłówka  wybudowano 2 bloki mieszkalne 8-rodzinne, magazyn środków chemicznych, oraz magazyn - chłodnię na nasiona i na materiał sadzeniowy.  W 1986 roku rozpoczęła działalność szkółka zespolona o powierzchni 26 ha.
W 1997 roku urządzono przy szkółce wyłuszczarnię szyszek przeniesioną z Brzeska.

Po likwidacji w 1994 r. Ośrodka Remontowo-Budowlanego w Bochni Nadleśnictwo Brzesko przejęło po nim majątek i przeniosło siedzibę Nadleśnictwa z Brzeska do Bochni.

W latach 2010 przez północną część Nadleśnictwa zostaje poprowadzona autostrada A4. Powierzchnia Nadleśnictwa zmniejsza się o kilkadziesiąt hektarów lasu a leśnictwo Jodłówka zostaje podzielone na mniejsze kompleksy przez wybudowane nowe drogi.

W roku 2019 zostaje oddany do użytku nowy budynek biurowy i siedziba Nadleśnictwa wraca z powrotem do Brzeska.